Con respecto a sus orígenes debemos apuntar que la Hermandad que actualmente conocemos con el nombre de N. P. Jesús Nazareno, María Stma. de las Angustias y San Juan Evangelista es una Corporación gestada en la Ermita de San Roque por personas humildes de Las Cabezas de San Juan que, hacia 1667, en medio de una situación desfavorable, económicamente hablando, deciden rendir culto a Jesús Nazareno con la Cruz al hombro y a María Santísima–sin advocación determinada- y que, tomando como modelo a la Hermandad sevillana del Silencio elabora Estatutos bajo el nombre de Hermandad de los Nazarenos de Las Cabezas, siendo éstos aprobados el veintiocho de Marzo de 1669, haciendo, presumiblemente ese año, su primera estación de penitencia, al menos de forma “oficial”. Sin que esto suponga descartar algún tipo de conexión con organizaciones o corporaciones anteriores en el tiempo.
Su primera sede fue la ermita de San Roque, donde dio sus primeros pasos. Poco duraría esta estancia ya que, a comienzos del último cuarto del siglo XVII, nos la encontramos establecida en la ermita de Vera-Cruz, compartiendo con la Hermandad del mismo nombre sede. Desde dicho lugar se solicitaría, en 1697, el traslado de su Regla, al estar ésta deteriorada por el tiempo y por el uso. En la ermita de Vera-Cruz construiría su retablo a comienzos del siglo XVIII y, años más tarde, procedería a su dorado.
Los documentos de la época hablan a las claras de la tremenda popularidad que el desfile penitencial de la Cofradía, en la madrugada del Viernes Santo, despertaba entre la población.
La Hermandad de Jesús Nazareno contribuía al mantenimiento y reparación de la ermita de Vera-Cruz y su relación con la Hermandad del mismo nombre debió ser cordial y fraternal. Prueba de ello es la realización, en 1777, de un interesante cáliz de plata con el punzón de José Alexandre que sufragaron ambas Corporaciones penitenciales.
A finales de esta centuria la Hermandad abandonaría definitivamente la ermita de Vera Cruz, por ruina material de la misma, para establecerse, nuevamente, en la de San Roque donde, transcurridos algunos años, pasaría a ocupar su retablo mayor.
Los ingresos de la Hermandad provenían, fundamentalmente, de la puja por llevar las insignias, por conducir los pasos, alquiler de túnicas y limosnas.
No pocas dificultades traería su discurrir por el convulso siglo XIX; no obstante, seguimos anotando noticias en referencia a la Corporación. La principal de ellas es la hechura, en 1853, de su actual imagen mariana, la Virgen de las Angustias.
En el pasado siglo la Hermandad sufrió momentos de decadencia y otros de reorganización que, a tenor de lo documentado, no fueron definitivos; sin embargo, la Cofradía seguía adelante y, cada vez más enraizada en un pueblo que la hacía suya y, en especial, a Jesús Nazareno.
Tras los tristes sucesos de la incivil guerra, la Corporación contará con una estructura más o menos estable que le irá garantizando, más que su supervivencia, una vida, cada vez, más activa.
Desde 1953 hasta 1971 la Hermandad y sus titulares tienen que buscar cobijo en la Parroquia de San Juan Bautista, ya que su Ermita se hallaba en un estado ruinoso. Lógicamente, esto supuso una alteración tanto en su recorrido penitencial como en el horario del mismo.
El regreso a su reconstruida Ermita supondría un auge en la Corporación que tiene especial relevancia a partir de la década de los ochenta, con un considerable incremento de hermanos en su nómina y de nazarenos en su estación penitencial.
Como fechas importantes en estos últimos años debemos destacar las celebraciones del XXV Aniversario del regreso de la Hermandad a su Ermita de San Roque, celebrado en 1996; la del CL Aniversario de la hechura de la Virgen de las Angustias, en 2003 o la del XXV Aniversario de las cuadrillas de hermanos costaleros, en 2007.
Importantes también fueron los años 1999, concediéndosele a la Hermandad el título de Sacramental y 2005, otorgándosele la medalla de oro de la ciudad a la venerada Imagen de Ntro. P. Jesús Nazareno.
El 21 de diciembre de 2007 confirmaría su filiación, en solemne acto, con la Primitiva Hermandad y Archicofradía sevillana de Jesús Nazareno.